孔令辉6岁开始打球，1986年进入省队，1988年进国青队，1991年入选国家队。历年来在国际乒联公布的世界男单排名前列，是世界杯、世锦赛和奥运会的大满贯冠军得主。

　　孔令辉属于典型传统直拍快攻结合欧洲横拍进攻型打法，两面拉弧圈，稳中见狠，有极好的战术素养。右手横握球拍，弧圈球结合快攻打法，正手抽杀力量大。他球感好，球速快，善打多回合，能够在相持中偷袭变线，整体技术全面。

　　孔令辉退役后在国家队任女队教练。

　　2013年正式担任中国女子乒乓球队主教练。

　　1991年全国锦标赛男团冠军；

　　1993年七运会男双第三名(与王永刚)；

　　1994年第2届世界青年锦标赛男单、男团冠军；中国公开赛男单、男双冠军；全国精英赛男单第三名；中国乒协杯男双冠军；韩国大奖赛男单冠军；1994年第12届亚锦赛男单、混双(与邓亚萍)、男团冠军；第12届亚运会混双(与邓亚萍)、男团冠军；意大利公开赛男双冠军(与张雷)；瑞典公开赛男团亚军；

　　1995年中国明星赛男单、混双冠军(与邓亚萍)；第43届世乒赛男团、男单冠军、混双亚军(与邓亚萍)；爱普生世界明星赛男单冠军；中国大奖赛男单冠军；世界杯男单冠军；第3届城运会男单冠军，男双第三名(与张鹏)；亚洲杯团体赛男团冠军；

　　1996年中国乒协杯男双(与刘国梁)、男单冠军；第26届奥运会男双冠军(与刘国梁)；首届国际乒联职业巡回赛总决赛男单冠军；亚锦赛男单、男双冠军；

　　1997年第44届世乒赛，与王涛、刘国梁、丁松和马文革合作，获团体比赛冠军；男双冠军(与刘国梁)、混双亚军(与邓亚萍)、男单并列第三名；美国公开赛男单冠军；中国大奖赛男双冠军(与刘国梁)；八运会男团亚军；美国、马来西亚公开赛男单冠军；国际乒联总决赛男单冠军；

　　1998年爱立信中国乒乓球擂台赛冠军并成为男子总擂主；马来西亚公开赛男单、男双(与刘国梁)亚军；日本公开赛男单冠军；全国俱乐部甲级联赛男团第3名；澳大利亚公开赛男单、男双(与刘国梁)冠军；中国公开赛男双第3名(与刘国梁)；全国锦标赛男单冠军；第13届亚运会男团、男双(与刘国梁)冠军、男单并列第3名；

　　1999年爱立信中国乒乓球擂台赛决赛男子亚军；第45届世乒赛男双冠军；亚洲12强赛冠军；

　　2000年第45届世乒赛男团亚军；世界男子俱乐部团体冠军；日本公开赛男双冠军，男单第三；第26届奥运会男单冠军、男双亚军；

　　2001年第46届世乒赛男团冠军，男单、男双亚军。

　　2002年第14届亚运会男团冠军，男单、男双第三；美国、德国、荷兰公开赛男双冠军，国际乒联总决赛男双冠军；

　　2003年第47届世乒赛男双亚军(与王皓)，男单四强，韩国公开赛男单、男双四强，中国公开赛男双亚军，马来西亚公开赛男单四强、男双冠军；

　　2004年第47届世乒赛男团冠军，国际乒联巡回赛希腊公开赛男双亚军，韩国公开赛、中国公开赛(长春)男双冠军(与王皓)，总决赛男双亚军；

　　2005年卡塔尔公开赛男双冠军，48届世乒赛男双冠军(和王皓)。

　　2006年10月12日孔令辉正式宣布退役。